Sendo os três poderes da República independentes e as leis orçamentárias iniciativa do Poder Executivo, há, naturalmente, uma relação polêmica quanto ao encaminhamento das propostas remuneratórias dos Poderes Legislativo e Judiciário. Para que eventuais litígios e ingerências nesse âmbito sejam minimizados, a legislação determina que os parâmetros para a fixação da remuneração no Poder Legislativo, assim como os limites para a proposta orçamentária do Poder Judiciário e do Ministério Público, sejam incluídos no PPA.