Do ponto de vista da biologia da ictiofauna, a mata ciliar possui as seguintes funções ecológicas: 1) proteção estrutural dos habitats; 2) regulagem do fluxo e vazão de água; 3) abrigo e sombra; 4) manutenção da qualidade da água; 5) filtragem de substâncias que chegam ao rio. Ao longo do curso do rio, estas funções terão maior ou menor influência na dinâmica do sistema, devido às localizações, aos tipos e aos tamanhos habitats analisados. Assim, a influência da vegetação é: