A contaminação dos alimentos por B. cereus pode ter origem no solo, na poeira, no trato intestinal do homem e de animais. Ao se consumir um alimento contaminado por essa bactéria, a produção de uma ou mais toxinas pode também ocorrer no trato intestinal em consequência do desenvolvimento microbiano e, nesse caso, tem-se uma situação de toxi-infecção alimentar.