A resistência bacteriana à terapia antibiótica decorre da inativação enzimática do antibiótico, da alteração do seu sítio de ação e da capacidade bacteriana de evitar a rota metabólica inibida pelo antimicrobiano. Há ainda um quarto mecanismo, específico para sulfonamidas e trimetropim, relacionado à alteração do transporte do antibiótico através do invólucro bacteriano.