Há muitas vantagens em usar polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs) em investigações de paternidade ou de identidade em comparação com o método de STR. No entanto, uma desvantagem é a necessidade de analisar pelo menos 40-50 marcadores de SNP em vez de 13-15 lócus com o método de STR. A principal razão para se usar quase três vezes mais SNPs deve-se: