O orçamento da seguridade social é elaborado de forma integrada pelos órgãos responsáveis pela saúde, previdência social e assistência social, obedecendo as metas e prioridades estabelecidas na LDO, assegurada a cada área a gestão de seus recursos. Com isso, é de responsabilidade exclusiva da unidade orçamentária do Ministério da Saúde a execução das despesas com a saúde pública.