Em meio a inegáveis resultados positivos, o MERCOSUL ainda não conseguiu superar alguns obstáculos e, sob determinada ótica, resultou em pontos flagrantemente negativos. Entre esses, destaca-se o fato de que a notável ampliação do volume de trocas entre Brasil e Argentina acabou por hiperatrofiar o comércio entre o Brasil e os demais parceiros (Uruguai e Paraguai), além de, paradoxalmente, a integração regional ter reduzido o poder de barganha de seus membros - como bloco ou isoladamente - no competitivo mercado mundial.