Para emissão do certificado de auditoria é necessária análise levando em conta principalmente constatações relacionadas a falhas, omissões e impropriedades que podem significar situações simplesmente impróprias, quando caberá a emissão de certificado de regularidade ou de regularidade com ressalvas ou até mesmo irregulares. Em se tratando de caso concreto de irregularidades, o certificado de auditoria não necessita considerar jurisprudências do Tribunal de Contas da União, tendo em vista situação real de irregularidades.